到目前為止，全球已出現了多種多樣的FSC森林認證體系，在不同的體系下其認證的程序也不完全一樣，但主要步驟是相同的，即申請、檢查（或審計）、做出決定和頒發證書。
森林經營單位在申請FSC森林認證之前要進行自我評估，為正式認證做準備，步驟為：
第一步：評估FSC森林認證的必要性。森林經營單位應確認本單位是否有開展認證的必要，即認證將為企業經營帶來收益，諸如認證將提高產品的市場競爭力，認證的收益將超過認證成本等等。
第二步：選擇合適的認證證書和認證機構。森林經營單位應根據消費者或市場對某種認證證書的需求，決定選擇哪種認證體系。
第三步：開展內部評估。森林經營單位在正式認證之前，應進行內部的初步評估，包括對認證標準的選擇，本地條件下標準的解釋，運用標準對企業經營活動進行評估，以確定本單位符合認證要求的程度。 第四步：改進和完善森林經營管理以實現森林的良好經營。在內部評估之后，森林經營單位應對森林經營中存在的不足加以改進，例如制定明確的經營目標，采取切實可行的實施步驟。 這些工作做好以后，森林經營單位就可以正式申請認證。通常情況下，FSC森林認證是按照下面的流程圖進行的，在各個環節，認證機構和森林經營者都承擔著相應的責任。
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